Número especial de modelado integrador y multiescala: Convocatoria de artículos
Mary Lederman
in silico Plants está solicitando presentaciones para un número especial sobre modelado integrador y multiescala. Este número especial tiene como objetivo publicar los resultados de la investigación que describen herramientas y modelos multiescala nuevos y mejorados.
Las optimizaciones de las representaciones del modelo a nivel de fotosíntesis, dosel o sistema de raíces ya han llevado a mejoras a nivel de planta y campo. Los ejemplos incluyen una reducción del 25 por ciento en la pérdida de agua en la planta de tabaco modelo cultivada en el campo (a través de la sobreexpresión de PsbS), un 15 por ciento (a través de una respuesta acelerada a los eventos de sombreado natural) y un aumento del 24 por ciento en la biomasa del tabaco cultivado en el campo (reacción fotorrespiratoria más eficiente). caminos). ) y 40% en el rendimiento de trigo de invernadero (a través de una mayor actividad de SBPase).
Para continuar con este avance, los modelos no solo deben aprovechar los rápidos desarrollos en los campos de fenotipado de alto rendimiento, aprendizaje automático, genómica, metabolómica y computación de alto rendimiento, sino que también deben ser integradores para incorporar los mecanismos de respuesta subyacentes, que van desde desde redes de genes y vías metabólicas hasta organización celular, desarrollo de tejidos y órganos, y adquisición de recursos en entornos y ecosistemas competitivos dinámicos.
Los modelos que se extienden a través de escalas biológicas a través del modelado multiescala integrador tienen el potencial de acelerar aún más el desarrollo y la reproducción específicos de ideotipos de plantas, lo que conducirá a una mejor producción de plantas y sostenibilidad en condiciones ambientales desafiantes en el futuro.
Por esta razón, en silico Plants está solicitando presentaciones para una edición especial sobre modelado integrador y multiescala. Este número especial tiene como objetivo publicar los resultados de la investigación que describen herramientas y modelos multiescala nuevos y mejorados.
El alcance de la Edición Especial de Modelado Integrativo y Multiescala incluye:
- Modelos multiescala que abarcan la regulación metabólica a través de escalas biológicas, incluida la regulación transcripcional, postranscripcional, traduccional y postraduccional y el vínculo entre la microescala (celular) y la macroescala (órgano y/o ecosistema), y
- Las herramientas y los recursos computacionales para desarrollar modelos multiescala incluyen marcos, motores y lenguajes.
El editor invitado de este número especial es el Dr. Amy Marshall-Colon, profesora asociada de biología vegetal en la Universidad de Illinois y editora fundadora de en silico Planta. Todos los tipos de artículos (artículos originales (que incluyen investigación y desarrollo, teoría, métodos, software y herramientas computacionales), avances técnicos, revisiones, opiniones, editoriales, cartas al editor y comentarios) son bienvenidos y están sujetos a la revisión completa in silico Plants por pares. proceso.
Si desea enviar un manuscrito para incluirlo en la edición especial, envíe un correo electrónico a office@insilicoplants.org con su lista de autores, título y mensaje clave para indicar su interés y reservar su lugar. La fecha límite para la presentación de manuscritos es el 30 de octubre de 2022.
El número especial se publicará junto con el 6.el El simposio y hackatón anual Crops in silico se llevará a cabo virtualmente del 11 al 13 de mayo de 2022 por el Centro Nacional de Aplicaciones de Supercomputación (NCSA) en la Universidad de Illinois Urbana-Champaign. El programa del simposio incluye conferencias, debates y presentaciones de carteles interactivos sobre modelado matemático y software/herramientas computacionales relacionadas. El hackathon presenta tutoriales interactivos para 5 modelos y marcos y herramientas de modelado:
- Biocro II – Un marco semi-mecanicista para modelos dinámicos de crecimiento de plantas.
- OpenSimRoot – Un modelo funcional funcional en 3D que simula el crecimiento de raíces, la arquitectura y el abastecimiento de recursos.
- helios – Un marco de modelado 3D para plantas y entornos.
- CPlantBox– Un modelo de función de estructura 3D con un enfoque en la arquitectura raíz y la interacción raíz-suelo.
- AbrirAlea – Un entorno de modelado multiparadigmático para plantas.
Puede encontrar más información sobre el número especial aquí.
El editor de la edición especial y los organizadores de la conferencia esperan sus contribuciones a la edición especial y darle la bienvenida a la sexta edición.el Simposio anual Cultivos in silico y Hackathon.
Más información sobre el modelado multiescala
Bedrich Benes, Kaiyu Guan, Meagan Lang, Stephen P Long, Jonathan P Lynch, Amy Marshall-Colón, Bin Peng, James Schnable, Lee J Sweetlove, Matthew J Turk (2020), Los modelos informáticos multiescala pueden guiar la experimentación y las medidas específicas para mejorar inventario. El Diario de la Planta, 103:21-31. https://doi.org/10.1111/tpj.14722
Megan L. Matthews, Amy Marshall-Colón (2021) Modelado de plantas multiescala: del genoma al fenómeno y más allá. Temas emergentes en las ciencias de la vida, 5(2):231–237. https://doi.org/10.1042/ETLS20200276
Nota: Se cargó una versión de audio de esta página en Anchor.fm, pero aparentemente Anchor no funciona en este momento, por lo que el archivo no se puede incrustar. Esto se solucionará lo antes posible.
Relacionada
