El sitio web Quantitative Plant se desarrolló para ayudar a los investigadores que analizan plantas a encontrar el conjunto de datos de imágenes, la herramienta o el modelo matemático adecuados para su investigación.

Lo que era solo una base de datos de análisis de imágenes de plantas en 2013 se ha convertido en una base de datos integral de registros públicos para fenotipado de plantas, herramientas de software de análisis de imágenes y modelos de plantas.

Mantenido por Guillaume Lobet y Clément Saint Cast, el sitio web Quantitative Plant contiene 180 herramientas de software de imágenes, 31 conjuntos de datos de imágenes y 101 plantas y modelos de plantas (a partir de marzo de 2022).

Guillaume Lobet, profesor asistente en un puesto conjunto en Forschungszentrum Jülich y UCLouvain, es un amante de las plantas y apasionado por la ciencia abierta. Le pregunté por qué.

“La recopilación de registros es un ejercicio tedioso y (a veces) costoso. Compartir un conjunto de datos públicamente puede reducir su costo al tiempo que aumenta su reproducibilidad y su uso posterior. Los repositorios de datos y el auge de las revistas de datos pueden incluso ayudar a obtener más citas. La reproducibilidad es crucial, por lo que no solo los datos deben estar abiertos, sino también el software y los modelos matemáticos. Los repositorios de códigos pueden evitar que el software y las herramientas académicas desaparezcan una vez que se agoten los fondos y los incentivos. Ofrece más oportunidades para el mantenimiento a largo plazo a través de la colaboración y puede ayudar con la depuración de código y el control de versiones. En última instancia, cada paso del proceso de investigación se puede abrir y las herramientas para hacerlo están disponibles”, explica Guillaume Lobet.

¿Qué tan extenso es el sitio web de Quantitative Plant? Cuando una herramienta está en el espacio público, está curada manualmente por Guillaume Lobet y Clément Saint Cast. Si falta algo, dan la bienvenida a las presentaciones.

La base de datos en línea no es solo una lista de herramientas y modelos matemáticos. Cada uno se presenta sucintamente en un marco coherente y se describe por sus características generales (p. ej., parte de la planta estudiada) y su uso (p. ej., especie estudiada). Están referenciados por uno o más artículos científicos que presentan sus propiedades o casos de éxito.

Esta información descriptiva permite consultar la base de datos mediante palabras clave o buscarla por criterios predefinidos como el tipo de órgano a analizar, las medidas a tomar, la especie de planta, el tipo de licencia y el sistema operativo.

“Creemos que los recursos públicos como estos brindarán una oportunidad para compartir y comunicar sobre el desarrollo de nuevas herramientas y modelos, pero también facilitarán la colaboración y la conexión entre las comunidades fenomenal y de modelado”.

Se puede encontrar una base de datos completa de registros públicos de fenotipado de plantas en el sitio web de Quantitative Plant en https://www.quantitative-plant.org.

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